主要还是意义上的区分.
这句话city后面的成分是,你的城市现在的样子,这里的what并不是连接词,而是后面一句的宾语,意思表示"存在的状态,...的样子"
整句是make sth +状态 的举行.

而定语从句则为宾语(名词)的修饰成分,比如如果说,i love the city where you live in里面,where引导的就是宾语从句,修饰city.

make sth. sth
make sb. sb.

固定的，两个都是名词或名词性成分

what引导的是名词性从句
又是在make后面组成了
make sth sth

he wants to make you whom he used to be